從附圖可以看出，過程方法包括兩個PDCA循環。一個循環包含食品安全管理體系的四大過程的總體框架，另一個循環包含標準第8部分所述的食品安全管理體系內的各種運行過程。以下按四大過程的總體框架，詳細解讀食品安全管理體系(FSMS)過程識別要點。
一、策劃過程
策劃過程可分成若干個子過程，這些子過程是建立食品安全管理體系必須要加以識別和管理的，可分為以下七點。 一是，組織環境的識別和評審過程，其包括組織內外部環境和相關方需求識別與評審過程，食品安全管理體系范圍的確定過程。 二是，管理體系策劃過程，包括方針、目標、組織框架及職責權限、應對風險的措施等。 三是，人力資源管理過程。食品行業的人力資源管理有別于其他行業，注重員工健康管理，食品安全意識及食品安全小組的能力要求。 四是，基礎設施和工作環境管理過程。根據食品行業類別，按不同的食品法規要求，對基礎設施和工作環境加以管理。 五是，外部提供的過程、產品和服務控制過程。供方的考核評價及原輔料進廠驗收要求，包括對外部供方許可資質管理等內容。 六是，內外部信息溝通過程。著重食品鏈上下游組織在食品安全方面的信息溝通，包括與監管部門、供方、顧客等相關組織的信息溝通。 七是，成文信息控制過程。關注記錄保存期限與法律法規要求的符合性。
二、運行過程
運行過程該本標準的核心過程，存在另一個PDCA循環，包含了標準第8章所述的FSMS內的各種運行過程，可分為以下若干個子過程。 前提方案建立實施過程，依據組織所處的食品鏈的位置，確定相應的前提方案，如良好操作規范、良好獸醫規范、良好分銷規范可追溯性過程。根據標準要求，追溯系統應能夠唯一地識別供應商來料和終產品的初始分配路線應急準備與響應過程，組織首先應識別出那些與食品安全相關的潛在的緊急情況，并制訂出相應的應急方案，并要求對方案進行測試危害分析與評價及控制計劃的建立過程，根據HACCP七個基本原理的要求建立實施該過程。值得特別關注的是，新標準要求關鍵限值應可測量，操作性前提方案(OPRP)的行動標準可測量或可觀察。另外還包括控制措施確認過程、危害控制計劃的實施與監視過程、驗證過程、不合格產品控制過程(包括產品撤回)，這些過程與舊標準要求無太多變化。
三、食品安全管理體系的績效評價過程
食品安全管理體系的績效評價過程包括對監視和測量、驗證活動結果所獲取的數據和信息，以及對前提方案和危害控制計劃實施情況的監測結果的分析與評價，同時包括內部審核和管理評審活動，以確定FSMS的績效情況。該過程可分為：分析與評價過程、內部審核過程、管理評審過程。
四、改進過程
組織應持續改進食品安全管理體系的適宜性、充分性和有效性，并根據與相關方溝通的結果、驗證活動結果分析的輸出以及管理評審的輸出更新FSMS，該過程可分為持續改進過程、食品安全管理體系更新過程。綜合上述分析，基本已識別食品安全管理體系的主要過程，組織可以按過程方法的要求，形成過程清單，如附表所示，以便管理食品安全管理體系。
